O IFILO é constituído por uma Diretoria, que coordena as suas atividades internas e o representa externamente; por uma Graduação em Filosofia, que forma o pesquisador em Filosofia na sua modalidade de Bacharelado e o professor do ensino médio na sua modalidade de Licenciatura; e por um Programa de Pós-Graduação, que aperfeiçoa o pesquisador em Filosofia, exigindo que desenvolva rigoroso e detalhado estudo sobre um dos diversos temas ou autores da área.

Em todas as suas atividades, o IFILO se caracteriza pela liberdade de estudo e pelo combate a todo preconceito que impeça a pesquisa e a consideração de assuntos que possam alargar o conceito de Filosofia, inspirando-se nos ideais mais autênticos da Universidade Moderna, que integra o espírito acadêmico à instituição universitária. Expressão da sua liberdade de pesquisa é a diversidade de seus Grupos de Pesquisa e Estudo, reunidos em torno do seu Núcleo de Estudo de Filosofia e Humanidades (NEFIH).